Martynaitis - lietuviška vyriškos giminės pavardė.
Šios pavardės moteriškosios giminės formos yra: Martynaitienė (ištekėjusi moteris) ir Martynaitytė (mergautinė pavardė).
Pavardę turi šie garsesni asmenys:
- Antanas Martynaitis (Marcinskas) (1821 – po 1880) –
Romos katalikų kunigas, kanauninkas;
- Marijonas Martynaitis (g. 1922) – Lietuvos statybinių medžiagų technologas, technologijos mokslų daktaras.
- Sabina Martinaitytė (g. 1958) – Lietuvos dainininkė (sopranas);
- Magdalena Karčiauskienė-Martinaitytė (g.
1919) – Lietuvos pedagogė, habilituota socialinių mokslų daktarė.