Pilypaitis - lietuviška vyriškos giminės pavardė.
Šios pavardės moteriškosios giminės formos yra: Pilypaitienė (ištekėjusi moteris) ir Pilypaitytė (mergautinė pavardė).
Pavardę turi šie garsesni asmenys:
- Antanas Simonas Pilypaitis (1932–2000) – architektas,
Lietuvos politinis bei visuomenės veikėjas;
- Edgaras Pilypaitis (g. 1974) – Lietuvos ir Šakių rajono politinis bei visuomenės veikėjas;
- Eduardas Pilypaitis (1911–1988) – choro ir instrumentinio ansamblio dirigentas, pedagogas, kompozitorius;